Arrêt maladie du micro-entrepreneur : conditions et montant des indemnités journalières

En micro-entreprise, une maladie signifie souvent un arrêt total du chiffre d'affaires. L'Assurance Maladie peut alors vous verser des indemnités journalières, comme à un salarié, mais avec des règles propres aux travailleurs indépendants : un délai de carence, une durée d'affiliation minimale et un montant calculé sur vos revenus des trois années précédentes.

Ce guide vous explique si vous y avez droit, comment estimer votre indemnité à partir de votre chiffre d'affaires et quelles démarches faire. Ces indemnités sont financées par les cotisations que vous versez à l'Urssaf : voir notre guide des cotisations URSSAF du micro-entrepreneur.

Les conditions pour être indemnisé

Pour recevoir des indemnités journalières (IJ), c'est-à-dire une somme versée pour chaque jour d'arrêt, vous devez réunir ces conditions :

• un arrêt de travail prescrit par un médecin et transmis à votre caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) ;
• au moins 12 mois d'affiliation au régime des travailleurs indépendants à la date du constat médical ;
• un revenu annuel moyen suffisant : 4 582 € au minimum pour un arrêt débutant en 2026 (voir ci-dessous) ;
• l'arrêt de votre activité pendant toute la durée de l'arrêt.

Les indemnités sont versées par l'Assurance Maladie, et non par l'Urssaf. L'Urssaf se contente d'encaisser vos cotisations.

Artisan, commerçant ou libéral : deux régimes

Les règles de calcul sont communes, mais le plafond et la durée changent selon votre caisse :

• artisans, commerçants et professions libérales non réglementées relevant de la Sécurité sociale des indépendants (SSI) : c'est le cas de la grande majorité des micro-entrepreneurs, y compris les consultants, formateurs ou graphistes en BNC ;
• professions libérales réglementées relevant de la Cipav (architectes, psychologues, ostéopathes…) : régime des professionnels libéraux, avec un plafond plus élevé mais une durée plus courte.

Le délai de carence : 3 jours

Aucune indemnité n'est versée pendant les 3 premiers jours de chaque arrêt. Le paiement commence au 4ᵉ jour. La carence ne s'applique pas :

• à une prolongation de l'arrêt initial ;
• à un nouvel arrêt prescrit après une reprise d'activité de 48 heures maximum ;
• aux arrêts liés à une même affection de longue durée (ALD) : la carence ne s'applique qu'au premier arrêt sur une période de 3 ans.

Conséquence : un arrêt de 3 jours ou moins n'est pas indemnisé.

Comment est calculée l'indemnité journalière

L'indemnité est égale à 1/730 de votre revenu d'activité annuel moyen (le « Raam »), calculé sur les revenus cotisés des 3 années civiles qui précèdent l'arrêt. Pour un arrêt qui commence en 2026, ce sont donc les années 2023, 2024 et 2025.

En micro-entreprise, le revenu retenu n'est pas votre chiffre d'affaires. C'est votre chiffre d'affaires diminué de l'abattement forfaitaire de votre activité :

Ce sont les mêmes taux que pour l'impôt sur le revenu : voir notre guide sur l'abattement forfaitaire en micro-entreprise. Les montants calculés sont bruts : la CSG et la CRDS sont prélevées sur les indemnités versées.

Le seuil en dessous duquel l'indemnité est nulle

Si votre revenu annuel moyen des 3 années précédentes est inférieur à 10 % de la moyenne du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS) de ces mêmes années, votre indemnité est de 0 €. Pour un arrêt débutant en 2026, ce seuil est de 4 582 €.

Traduit en chiffre d'affaires annuel moyen, le seuil de 2026 correspond à environ :

Ces montants sont des repères calculés par Micropedia (4 582 € ÷ part du chiffre d'affaires conservée après abattement, arrondi à l'euro supérieur). Seule votre CPAM fixe officiellement vos droits.

Le montant maximum en 2026

Montants applicables au 1ᵉʳ janvier 2026, le PASS étant fixé à 48 060 € pour 2026.

Exemples de calcul

Exemple 1 : graphiste en prestations de services BIC, arrêt de 15 jours en 2026

• Chiffre d'affaires : 20 000 € en 2023, 24 000 € en 2024, 28 000 € en 2025
• Revenus après abattement de 50 % : 10 000 €, 12 000 € et 14 000 €
• Revenu annuel moyen : (10 000 + 12 000 + 14 000) ÷ 3 = 12 000 €, au-dessus du seuil de 4 582 €
• Indemnité journalière : 12 000 ÷ 730 = 16,44 € bruts
• Jours indemnisés : 15 − 3 jours de carence = 12 jours
• Total : 12 × 16,44 € = 197,28 € bruts

Exemple 2 : vendeuse en ligne, 15 000 € de ventes chaque année

• Revenu après abattement de 71 % : 15 000 × 29 % = 4 350 € par an
• Revenu annuel moyen : 4 350 €, inférieur au seuil de 4 582 €
• Indemnité journalière : 0 €, quelle que soit la durée de l'arrêt

Ce cas est fréquent en vente de marchandises : à cause de l'abattement de 71 %, un chiffre d'affaires qui paraît confortable peut ne donner droit à rien.

Exemple 3 : consultant en BNC relevant de la SSI, arrêt de 30 jours en 2026

• Chiffre d'affaires : 45 000 € chaque année de 2023 à 2025
• Revenu après abattement de 34 % : 45 000 × 66 % = 29 700 €
• Indemnité journalière : 29 700 ÷ 730 = 40,68 € bruts
• Total : (30 − 3) × 40,68 € = 1 098,36 € bruts

Combien de temps êtes-vous indemnisé ?

• Artisans, commerçants et libéraux relevant de la SSI : au maximum 360 indemnités journalières sur une période de 3 ans, pour une ou plusieurs maladies. Des règles particulières s'appliquent aux affections de longue durée : renseignez-vous auprès de votre CPAM.
• Professions libérales relevant de la Cipav : un même arrêt ne peut pas être indemnisé au-delà de 90 jours, soit 87 jours d'indemnités après les 3 jours de carence.

Les démarches en cas d'arrêt maladie

1. Faites établir l'arrêt par votre médecin. Le plus souvent, il le transmet en ligne directement à votre caisse. S'il utilise un formulaire papier, seul le formulaire Cerfa sécurisé est accepté depuis le 1ᵉʳ juillet 2025 : ni scan, ni photocopie.
2. Envoyez les volets 1 et 2 sous 48 heures au service médical de votre CPAM si l'arrêt est sur papier. Vous n'avez pas de volet 3 à adresser à un employeur.
3. Cessez votre activité pendant l'arrêt et respectez les heures de sortie fixées par le médecin : votre présence à domicile peut être contrôlée pendant toute la durée de l'arrêt.
4. Continuez à déclarer votre chiffre d'affaires à l'Urssaf à chaque échéance, même s'il est nul. Sans chiffre d'affaires, vous ne payez pas de cotisations, mais la déclaration reste obligatoire : voir comment déclarer un chiffre d'affaires à zéro.

En cas de retard d'envoi : au premier retard, la CPAM vous adresse un simple courrier de rappel. En cas de nouveau retard dans les 24 mois, les indemnités dues entre la date de prescription et la date d'envoi sont réduites de 50 %, sauf hospitalisation ou impossibilité justifiée de respecter le délai.

Cas particuliers

Vous avez créé votre micro-entreprise il y a moins d'un an

La condition de 12 mois d'affiliation n'est pas remplie : vous n'avez pas droit aux indemnités au titre de votre micro-entreprise. Si vous étiez auparavant salarié ou demandeur d'emploi, contactez votre CPAM : elle vérifie si des droits subsistent au titre de votre situation précédente.

Reprise à temps partiel thérapeutique

Si votre médecin vous prescrit une reprise progressive, un artisan ou un commerçant peut percevoir une indemnité égale à la moitié de celle versée pendant l'arrêt à temps complet. Cette reprise doit suivre immédiatement un arrêt à temps complet indemnisé, sauf en cas d'affection de longue durée.

Accident survenu pendant votre activité

Les travailleurs indépendants ne sont pas couverts d'office contre les accidents du travail et maladies professionnelles. Un accident survenu en travaillant est donc indemnisé comme une maladie, avec les mêmes conditions et la même carence. L'assurance volontaire accidents du travail proposée par l'Assurance Maladie améliore la prise en charge des soins, mais ne verse pas d'indemnités journalières.

Les erreurs fréquentes

• Raisonner sur le chiffre d'affaires → surestimer son indemnité → appliquer d'abord l'abattement de son activité (71 %, 50 % ou 34 %).
• Ne regarder que l'année en cours → une bonne année récente ne suffit pas → c'est la moyenne des 3 années civiles précédentes qui compte.
• Envoyer l'arrêt en retard → indemnités réduites de moitié en cas de récidive dans les 24 mois → transmettre les volets dans les 48 heures.
• Continuer à travailler pendant l'arrêt → indemnités remises en cause → suspendre toute activité, y compris la facturation de nouvelles prestations.
• Arrêter de déclarer à l'Urssaf → pénalité pour déclaration manquante → déclarer 0 € à chaque échéance sans chiffre d'affaires.

Une protection souvent limitée

Avec un revenu moyen de 12 000 € par an, l'indemnité ne dépasse pas 16,44 € bruts par jour, et rien n'est versé les 3 premiers jours. Beaucoup de micro-entrepreneurs complètent cette couverture par un contrat de prévoyance privé, qui peut verser des indemnités complémentaires en cas d'arrêt. Comparez les garanties et les franchises avant de souscrire.

Pour vérifier vos droits avant un arrêt prévu (opération programmée, par exemple), le plus sûr est d'interroger votre CPAM depuis votre compte ameli.